Ayahandanya bernama KH. Hasyim bin Kyai Idris dari Kapas, Jombang adalah seorang Kyai yang sangat digdaya, terkenal ilmu kanuragannya, wira’i dan ahli tirakat.
Sementara Ibunya bernama Fathimah putri KH. Hasbullah seorang dermawan yang kaya raya Pengasuh Pondok Pesantren Tambakberas, Ibu Nyai Fathimah adalah adik termuda dari seorang pendiri organisasi Nahdlatul Ulama’ KH. Abdul Wahab Hasbullah.
KH Abdul Fattah Hasyim merupakan putra pertama dari empat bersaudara, adik pertamanya bernama KH. Abdul Wajid kemudian Ibu Nyai Fatihah (istri KH. Nursalim, Mayangan) dan yang terakhir (saudara seayah beda Ibu) KH. Mohammad Faiq, Kedunglo, Kediri.
Silsilah keturunan KH. Abdul Fattah Hasyim dari ayah maupun ibu mempunyai jalur kenasaban (Intisab) sampai pada Pangeran Benowo, dari pangeran Benowo ke atas jalur keturunan bertemu langsung (muttashil) sampai pada Joko Tingkir ke atas lagi sampai Sultan Pajang (1570-1587 M.).
Setelah usianya sudah mencapai dewasa setelah beberapa tahun melakukan perjalanan intlektual (ngudi kaweruh babakan ilmu agomo) di beberapa Pondok Pesantren di pulau Jawa, tepatnya pada 1938 di usianya yang ke 27 KH. Abdul Fattah di jodohkan seorang gadis cantik yang bernama Musyarrofah, putri KH. Bisyri Sansuri pengasuh Pondok Pesantren Denanyar Jombang, suami dari ibu Nyai Khodijah yang merupakan kakak kandung Ibu Nyai Fathimah Ibunya KH. Abdul Fattah.
Buah dari perkawinan beliau dengan Ibu Nyai Musyarrofah melahirkan dua belas putra putri (tiga putra dan sembilan putri). Adapun keduabelas putra putri KH. Abdul Fattah adalah sebagai berikut:
1. Fathimah (Alm) meninggal di usia dua tahun
2. Mu’izah (Alm) mennggal di usia dua tahun
3. Nyai Hj. Nafisah Sahal, istri KH. Sahal Mahfudz (Pengasuh Pondok Pesantren Maslahul Huda Kajen Pati)
4. Nyai Hj. Hurriyah Jamal, istri KH. Djamaluddin Ahmad (Pengasuh Pondok Pesantren Bumi Damai Al-Muhibbin Bahrul Ulum Tambakberas Jombang)
5. Mahsunah (Alm) meninggal di usia bayi
6. Nyai Hj. Muthmainnah Sulthon, nama aslinya Kholishoh, Istri KH. Sulthon Abdul Hadi (Pengasuh Pondok Pesantren Al-Hikmah Bahrul Ulum Tambakberas Jombang)
7. Hubby Syauqi (alm.), ayahanda Agus Jabbar Hubbi (Pengasuh Pondok Pesantren Al Hidayah Bahrul Ulum)
8. Nyai Hj. Lilik Muhibbah, istri KH. Masduqi Amin (Pengasuh Pondok Pesantren Tahfidzul Qur’an Gedongan Cirebon)
9. KH. Abdul Nashir (Pengasuh Pondok Pesantren Al Fathimiyyah dan Pengasuh Pondok Induk Pondok Pesantren Bahrul Ulum Tambakberas)
10. KH. Ah. Taufiqurrahman (Pengasuh Pondok Pesantren Ar-Roudloh Bahrul Ulum Tambakberas Jombang)
11. Nyai Hj. Syafiyah, nama aslinya adalah Makiyyah istri Dr.Yahya Ja’far (Pengasuh Pondok Pesantren Al-Hikmah Al-Fathimiyyah Dinoyo Malang)
12. Bani meninggal ketika masih kecil
2. Mu’izah (Alm) mennggal di usia dua tahun
3. Nyai Hj. Nafisah Sahal, istri KH. Sahal Mahfudz (Pengasuh Pondok Pesantren Maslahul Huda Kajen Pati)
4. Nyai Hj. Hurriyah Jamal, istri KH. Djamaluddin Ahmad (Pengasuh Pondok Pesantren Bumi Damai Al-Muhibbin Bahrul Ulum Tambakberas Jombang)
5. Mahsunah (Alm) meninggal di usia bayi
6. Nyai Hj. Muthmainnah Sulthon, nama aslinya Kholishoh, Istri KH. Sulthon Abdul Hadi (Pengasuh Pondok Pesantren Al-Hikmah Bahrul Ulum Tambakberas Jombang)
7. Hubby Syauqi (alm.), ayahanda Agus Jabbar Hubbi (Pengasuh Pondok Pesantren Al Hidayah Bahrul Ulum)
8. Nyai Hj. Lilik Muhibbah, istri KH. Masduqi Amin (Pengasuh Pondok Pesantren Tahfidzul Qur’an Gedongan Cirebon)
9. KH. Abdul Nashir (Pengasuh Pondok Pesantren Al Fathimiyyah dan Pengasuh Pondok Induk Pondok Pesantren Bahrul Ulum Tambakberas)
10. KH. Ah. Taufiqurrahman (Pengasuh Pondok Pesantren Ar-Roudloh Bahrul Ulum Tambakberas Jombang)
11. Nyai Hj. Syafiyah, nama aslinya adalah Makiyyah istri Dr.Yahya Ja’far (Pengasuh Pondok Pesantren Al-Hikmah Al-Fathimiyyah Dinoyo Malang)
12. Bani meninggal ketika masih kecil